זה סרט המשך למדגסקר 1. הקופים שבמדגסקר מארגנים לאלכס מרטי מני וגלוריה מטוס שיחזיר אותם לניו יורק בגלל שהם היצילו את הקופים. המטוס מתקלקל באמצע הדרך ומתרסק באפריקה. באפריקה יש להקות של היפופוטמים, ג'ירפות, זברות ואריות. כל אחד מצטרף לבני מינו. ואלכס, מצא את ההורים הביולוגים שלו- שבאותו זמן היו ראש הלהקה. האריה שרוצה להיות ראש הלהקה לא רוצה שאלכס יצטרף ללהקה, ומחייב לעשות לאלכס את מבחן הקבלה- צריך לנצח את אחד האריות בדו קרב. האריה שרוצה להיות ראש הלהקה אומר לאלכס לקחת את האריה הכי חזק, ואלכס מסכים. אבל אלכס לא יודע להלחם, והוא טוב בלרקוד אז הוא חושב שצריך לרקוד יותר טוב כדי לנצח- ואלכס מפסיד. אבא של אלכס התאכזב מהקרב ונאלץ לגרש את אלכס מהלהקה. יש מחסור במים בשמורה. אלכס נעלב מאבא שלו ובורח מחוץ לשמורה המוגנת.
בינתיים מרטי מרגיש שהוא לא מיוחד בניגוד למה שחשב שהיה בניו יורק, מני הופך להיות מה שהוא רצה- רופא לג'ירפות, אבל הטכניקה שלהם לרפואה לא מתקדמת כמו שחשב ורק אצל גלוריה הכל בסדר. ההיפופוטם הכי מבוקש בלהקה מתאהב בגלוריה, והם יוצאים לדייט. אבא של אלכס מתחרט על זה שכעס על אלכס ויוצא מהשמורה בניסיון להחזיר את אלכס לשמורה. אבל אלכס לא יצא רק בגלל שנעלב מאביו- גם כדי להציל את השמורה ממחסור המים כדי שיחשבו שהוא גיבור.
האם אלכס יחזור לשמורה שבשלום? האם האבא יחזור? האם אלכס יציל את השמורה? אם אתם רוצים לגלות את התשובות לשאלות ולדעת מה קורה עם גלוריה מרטי ומני אז תצפו בסרט.
